碇真嗣違反撤退命令，不但沒在外部電源斷開的時候撤退，反而沖上去和使徒拼命。現在少年總于可以離開了，不過看著呼嘯的列車，想到了葛城美里這位誘人的大姐姐，又想到了兩位剛剛建立友誼的同學，最最重要的是想到那位潔白的讓人忍不住親近的少女。離開和留下頓時成為了問題。
如果是幾天前，碇真嗣絕對是毫不留情地離開，一旦猶豫就說明他已經有點想留下來了。
接受還是拒絕，如果真要拒絕肯定是當機立斷地拒絕，猶猶豫豫不想拒絕又不接受就說明這件事情是有余地的，是需要思考的。其實人都是這樣，會果斷拒絕的基本上都是看上去就沒什麼好處的事情，而下不了決定的事情基本上就是有好處有壞處，或者就是好處不夠明顯。
大姐姐，同學，還有美少女，足夠讓碇真嗣思考了。
最終列車過去，碇真嗣留下。而匆匆趕到車站的美里松了一口氣，她自然不希望碇真嗣離開，畢竟他是目前唯一可以啟動初號機，而且同步率一上來就超過百分之四十的天才，少了他，神經元的戰斗力要大打折扣。
看到碇真嗣沒上車，葛城美里頓時喜笑顏開。
雖然碇真嗣沒有遵守命令，不過目前沒人可以代替他，葛城美里說情，司令也不想換掉兒子，那麼雙方默契地恢復了碇真嗣的駕駛員身份，允許他繼續參加戰斗。
碇真嗣看著手中寫著地址的小卡片，想著要不要去。對于杜蘭老師，他的想法是很復雜的，杜蘭絕對是一個標新立異、與眾不同的老師，他的觀點之新穎讓人瞠目結舌。老實說碇真嗣也沒全理解，但有一點可以確定那就是老師不喜歡神經元，所以總認為神經元最後會出賣所有人。
碇真嗣也不喜歡神經元，可那畢竟是父親管理的機構，而且也是在為保護人類而戰斗，他實在不能對杜蘭的教育全盤接受。
不過等到少年回過神來的時候，他已經站在了一扇陌生的大門前。
這里是第三新東京市的一個廢棄工廠，少年走到了門口，還在猶豫要不要進去。
「少年，我已經恭候多時了。」杜蘭就站在碇真嗣的身後，來了就別想回去。
「老師？！」碇真嗣見到杜蘭的時候有些擔心，不知道老師到底會做什麼。
「進來吧。」杜蘭把少年帶進了工廠的辦公室，進入房間就見到一面牆壁上貼滿了各種各樣的新聞剪報，還有各種照片，很多照片都是機密級別的，而牆壁的中央是用抽象的線條繪制的一副丑陋的素描畫。
畫上是四個人形的輪廓，不過他們都有光環。在畫下面是各國媒體對隕石的報道，這都是十五年前的舊新聞了。
「少年，你看到了什麼？」
「老師，你在調查神經元？」碇真嗣發現很多照片都是神經元地下基地的照片，甚至還有手繪的路線圖，基地比想象中的大，在基地下方還有巨大的空間。
「算是調查了，不過這不重要。重要的是被掩蓋的真相，我們現在所處的世界其實已經經歷過不止一次重啟，而每一次重啟都不能改變人類所受的苦難。」杜蘭抬手指向了牆壁中央的素描說道︰「你看，那就是世界被重啟的證明。」
碇真嗣一頭霧水，完全跟不上杜蘭的節奏，什麼世界被重啟，什麼苦難在輪回，完全不懂。
第二次沖擊的時候，南極有四只使徒，而這四只都是亞當，這就是說這個世界至少已被重啟過了三次。
原本的時候亞當只有一只，每重啟一次多一只，現在亞當已經有四只了，說明這個世界又一次被重啟了。
就好像是游戲的sl大法，存檔讀取。亞當就是存檔，四只亞當就說明人類至少已經變過三次橙汁，而現在馬上就要第四次了。但碇真嗣依舊沒有打出自己需要的理想結局。
之前的世界人類補完，但都不是碇真嗣的幸福結局，于是重啟繼續，沒達成繼續重啟。但碇真嗣自己也不知道到底什麼才是完美的結局，所以他的好友渚薰才說碇真嗣這次一定要幸福。
因為渚薰是唯一帶著存檔記憶的存在，可惜就算帶了記憶一樣被司令忽悠，被騙了一次又一次。
此時工廠房間內，碇真嗣完全不知道杜蘭在說什麼。不過也無所謂，現在杜蘭先帶他去看看工廠里的情況。
拉開辦公室的窗簾，就看到隔壁還有更大的空間，只見里面的工人如螞蟻一樣忙碌，正在制作什麼東西。
「這座工廠是第三新東京建設之前生產機械設備而設立的，現在將它重啟，就是為了打造eva的移動電源，只要有了移動電源初號機就再也不用受到神經元的擺布了。」杜蘭說道︰「核能電池，一節更比六節強。」
碇真嗣眨眨眼，心想老師果然不一般，難道他想要讓自己背叛神經元？少年雖然性格軟弱，但他不傻，不但不傻還很聰明，會拉一手好大提琴，學習成績也非常不錯，十五歲就能掌握大提琴，可謂是遺傳了父母的優秀基因。而且在戰斗中，碇真嗣也是飛快成長，在實戰中的表現超越了一直受訓練的綾波麗和明日香。
所以碇真嗣一听到杜蘭說什麼不受神經元擺布，就立刻想到杜蘭可能是什麼反抗組織。
「少年，現在我問你一個問題，你為什麼是會是你？我想這個問題你也考慮過吧。」
碇真嗣確實考慮過為什麼會是自己，是因為自己有個司令父親，所以自己就必須上戰場？為什麼會是自己遇到這樣的事情，為什麼自己沒有母親，為什麼不能和父親生活，為什麼要寄養在親戚家里寄人籬下，為什麼自己一直要小心翼翼不去惹別人生氣？為什麼其他人的孩子可以任性，為什麼自己就不行？
很多為什麼，所以tv版的人類沒補完最後是碇真嗣補完了。而到了舊劇場版里劇情又變成人類補完，碇真嗣沒補完。
加上漫畫和新劇場版，正好四次重啟，對應四個亞當。
「我不知道，這個問題我也不知道答案，老師你知道麼，我為什麼是我，為什麼我要經歷這一切？」碇真嗣倒要听听杜蘭怎麼解釋。
「因為你不是我，也不是他，所以你是你。」杜蘭說道。
真是听君一席話如听一席話啊，因為我不是你，也不是他，所以我是我？碇真嗣表示這回答已經有小學生的水平了。
「為什麼白是白？因為白不是黑，不是綠，不是紅，不是紫……不是白之外的其他顏色。這就是白是白的原因，因為存在首先包含否定，萬物是通過否定他人而存在的。」「我們為什麼是我們，他們為什麼是他們，使徒為什麼是使徒，就是因為我們否定他們，否定使徒，同時我們也被他們否定，被使徒否定。而這股否定的力量就是at力場。」杜蘭表示否定他者的力量就是at力場的力量。