日本檢方的第二個優勢在于，起訴便宜主義——刑事訴訟法248條規定，認為沒有追究刑事責任之必要時，可以不提起公訴。追本溯源而言，這一制度源于明治初期設立檢察官公訴制度的客觀條件約束︰由于明治天皇時期的日本政府在財政上並不寬裕，而刑事審判系統的運作和監獄的維持費用都相當高昂。出于這樣有些令人尷尬的原因，1885年，時任司法大臣山田顯義在訓示中明確提出了對輕微犯罪盡量以不立案或者警告釋放為主要方針，並盡可能減少公訴，而這樣的手段也確實通過免除了輕罪的司法成本而減輕了國家財政負擔。在1923年修改刑事訴訟法的過程中，已經在執行當中逐漸佔據主導地位的起訴便宜主義最終徹底壓倒了法定起訴主義，在279條明文規定了與現有內容一致的起訴便宜制度條款。
在現代社會，雖然日本已經不再是那個財政極度拮據的窮人政府，但這一制度卻仍然延續了下來——從有1500名法官的1890年到現在，日本的法官數量始終沒有大的增長，大約只有1500人負責正統的案件訴訟（還有800名左右的簡易法院法官和350人左右的家庭裁判所法官，以及一些任職沒有到達五年，因而無法成為可以單獨審理案件的職權特例助理法官的菜鳥助理法官），不到3000人的法官總數和年均三四百萬以上的嫌疑人總量相比實在是有些捉襟見肘。如果沒有起訴便宜主義和相關制度將這些案件分化處理，那麼每位法官可能每年都需要處理超過1000件以上的案件。
（舉例而言，1994年這個節點的話，大城市的法官大約人均要負擔300件左右的案件，而且每個月還會有25件左右的新案件被委托給法官。與此同時，法律規定每一起案件每個月都需要至少開庭一次，等于說每個月都需要同時審理325件案件。一般法官都是每周開庭三天，也就是說每個開庭日需要審理25-27起案件，這也是田嚴案在次年九月就已經在進行第十七次公審的原因）
在這樣的情況下，起訴便宜主義可以大大緩解法官系統的工作壓力。例如，在1988年，日本的檢察廳對共計235萬名嫌疑人采取不予起訴的處理（80%以上是道路交通方面的嫌疑人）
而這樣的制度，也必然為檢方帶來了相當大的優勢——經驗豐富的資深檢察官往往根據起訴便宜主義進行篩選，專門選擇起訴自己佔據相當大優勢的刑事案件，而對相對棘手的案件采取不起訴方針，因而法庭上刑事審判一審判決的有罪率高達99.9%甚至以上。
相比之下，英美法律體系的有罪率就要低很多，而他們的法官也會很明確地意識到被告可能是無罪的——在英國，認罪的被告不需要進行審理，法官需要審理的案件一定是被告否認自己的罪行的狀況，而最終審判後的無罪率高達60%以上（1999年為64%）。而在美國，法院只對否認起訴事實的被告進行正式審判，而聯邦地方法院和一審法院的無罪釋放率也同樣有12%以上。
在這樣的對比之下，日本法官幾乎對于被告的伸冤已經麻木了︰他們在逐漸已經「學習」到了「被告都是有罪的」這樣一個「知識」之後，在看到新的被告的時候自然就會下意識地認為這一定又是一個檢察官們擁有充分證據，可以確保將其送進監獄的犯人。最終出現哪怕是檢察官們的證據有明顯漏洞，也可能因為過于信任他們而沒有發現，最終產生冤假錯案的情況。
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作者︰我舉個栗子，2016年日本檢察統計年報的數據，檢方一共處理了112萬人，而最終僅有32萬人被選擇性起訴，最終被判處無罪的人數是104人，起訴有罪率大約是99.97%左右。
至于刑事案件的有罪率……判有期徒刑以上刑罰的總人數是55039人，而所有起訴案例的總無罪人數是104人，這其中還有一部分是非刑事案件的無罪犯，所以最後算下來同樣是很夸張的。
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而最重要的一點優勢，在于法官的立場。
法律的目的在于什麼？
如果由保守派發言，那麼答案大概會是保護國民免遭犯罪分子的侵害，還他們一片淨土。
而如果讓人權派回答，大概發言會趨近于避免任何一個人成為強權機關的犧牲品——當然，考慮到強權機關的力量優勢，主要還是作用于保護相對弱勢的被告人。
這兩者顯然在有些時候是沖突的︰舉例而言，對純粹保守派而言，替死鬼是可以接受的——在具有惡劣社會影響的謀殺犯逍遙法外時，他們不會介意推一個替死鬼出來，宣稱這就是犯人，並將之處死以安撫民眾，實現社會的穩定。只要能夠讓更多人得到更多的利益，那麼犧牲一個人就是可以接受的。
而對于人權派來說，這樣的想法顯然是異端邪說——在他們看來，無論是為了何等目的，法律也不應該成為侵害個人利益的幫凶。盡管這樣或許能夠帶來更大的社會利益，但這也是國家對個人暴力的危險兆頭。
至于日本法官怎麼想……在1966年最高法院大法庭「全遞中郵判決」之前，法律團體普遍傾向于自由派，但以這個事件作為轉折點，政府後知後覺地意識到法院的相當一部分青年法官們加入了人權派團體青法協，違反了日本法官需要遵守的最基本的客觀與中立操守並產生了巨大的影響，對這一部分法官展開了不間斷的打擊，最終導致整個法官團體在潛移默化中趨向于保守化。
換言之，當今的日本司法，事實上已經成為檢察官與法官站在一邊，而辯護律師和被告站在另一邊的對抗局面。這與法官這一職務最初設置的「裁判」定位的事實相比對，是如此荒謬的一件事。舉例而言，就像足球比賽的裁判親自下場，並且為其中一隊踢球一般。
在這樣的情況下，檢方坐擁過大的優勢這一現象自然也就是不言而喻的，而出現這樣以孱弱論據成功定罪的情況自然也就是水到渠成。
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作者︰我個人而言的話，肯定還是屬于保守派的。兩害相權取其輕，為了一個更有威懾的法律體系，我願意承擔我自己可能也成為冤假錯案之一的風險。或者換一種說法，每個人每時每刻都在承擔各種各樣的風險，那我為什麼非要去固執地避免某種特定的風險，而導致放棄追求一個更低的總風險率呢？
btw，設定問題。
另外，檢察官和法官系基本都會被我設定成保守派（包括零之執行人被洗成人權派的安室透，因為那很大程度上是為了照顧低齡兒童而采取的白化設定，1994年這個保守的時代背景和警察廳這個以對抗革命團體為己任的身份都決定了安室透必然是保守派，他這個崗位信奉人權派等于把日本的胸膛暴露給所有心懷叵測的人。）
警察系出身的話，保守和人權派都有，年齡超過35的以及家里有官僚背景的基本都被設定為保守派（包括毛利小五郎），而看起來就很傻很天真的男角色以及所有女角色被設定為人權派。
絕大多數律師和偵探都是人權派。
組織清一色的保守派。
官僚系統清一色的保守派。
非以上出身的話，男角色基本傾向于保守派，女角色傾向于人權派。