見天色不早，朱媺娖並沒有留方以智繼續細談「大明自然科學院」的事，而是又給了一本冊子。
「這是朕建立‘大明自然科學院’的初步計劃，方先生可以拿回去先看一看，若有什麼建議，過兩日可寫一份奏疏呈上來。」
「臣領旨。」
隨即，方以智就帶著《物理》、《化學》、《生物》三冊「寶典」，以及一冊《大明自然科學院初步計劃》，由錦衣衛護送，離開了紫禁城，安排在錦衣衛南鎮撫司下面的一處宅院下榻。
畢竟方以智所帶的三冊「寶典」還處于保密階段，需要錦衣衛跟隨，以確保機密不會泄露出去。
不過方以智如今倒對錦衣衛沒什麼恐懼心理了，或者說注意力都被從紫禁城帶出的四冊書籍吸引了。
匆匆吃過晚飯，在一根點了大蠟的書桌前坐下，方以智下意識地就想繼續研究《物理》，或是《化學》、《生物》。
但想到朱媺娖的宏願，方以智最終還是先打開了那本最薄的計劃書。
他怕自己一打開那三冊寶典，就沉迷進去，忘了別的事。因此準備先把計劃書先看了，了解一番。
結果發現，這個計劃書內容竟然也不簡單，同樣看得他嘖嘆不已。
開篇就對「自然科學」進行了明確的定義——所謂自然科學，是一門以觀察和實驗地經驗證據為基礎，對自然現象進行描述、理解和預測的學問。
這樣乍看有些嗦、實則簡單易懂的大白話，方以智在此前觀看各期《大明報》時就迅速適應了，也理解《大明報》推行白話文的用意，並沒有覺得哪里不好。
方以智繼續往下看，便看到了計劃書對自然科學進行了細分。
兩個主要分支為物理科學和生命科學。
其中生命科學又可稱生物學，三冊寶典中的《生物》就是講述生命科學的。
物理科學則又細分為物理、化學、天文、地球科學。
此外，兩大分支還可衍生出醫學、農學、氣象學、材料學等應用科學。
所以，大明自然科學院下轄「物理科學院」與「生命科學院」。
物理科學院又下轄物理、化學、天文、地球科學等研究院。
生命科學院則下轄醫學、農學、生物等研究院。
大明自然科學院的機構等級暫時比照翰林院，各類官職名稱卻與翰林院大不相同。
設大明自然科學院院正一名（正四品）、院判兩名（從四品）。
物理科學院、生命科學院各設院長一名（從四品）、院副一名（正五品）。
下面的各個研究院亦各設院長一名（從五品）、院副一名（正六品）。
研究院又下轄各研究所，設所長（正七品）、副所長（從七品）各一名。
大明自然科學院從大明乃至世界各地招募有天賦且有志于科學研究的人員，不論夷漢，皆需有大明戶籍方可。
此類人員的被劃分為七級︰學員、研究助理、研究員、副院士、院士、大院士、榮譽院士。
其中學員非官員，故無俸祿，只有生活補貼。
研究助理為不入流官員，研究員為正九品、副院士為正七品、院士為正六品、大院士為正五品、榮譽院士為正四品！
看到這里，方以智不禁瞪大了眼楮，對朱媺娖發展自然科學的決心又有了新的認識。
須知，大院士已然是和內閣大學士同品級了，卻還有更高品級的榮譽院士。
豈不是說，以後內閣閣臣即便遇到了榮譽院士，也需要口稱下官？
除此外，這份計劃書中，還給自然科學研的官吏及研究人員都定下了頗高的薪俸。
若研究人員取得了研究成果，還將獲得豐厚的獎勵。
並且為了鼓勵更多人去鑽研自然科學，還將針對所有大明子民開設幾種獎項，每隔幾年進行一次評比，並給予獲獎者極大的榮譽和豐厚的獎金。
不過計劃書上對這一事只是略提了下，並未細講，預備是在大明自然科學院走上正軌後，再著手去辦。
等方以智將這冊薄薄的計劃書看完，一是半個時辰後了。
將其合上時，方以智不禁目光復雜地看著，感嘆道︰「若無意外，日後這自然科學院定會凌駕于翰林院之上，我大明的讀書人亦將有不少棄儒學而從自然科學啊。不過，這應是好事。」
接著，方以智就看起那三冊寶典來，這一看就是一夜‧‧‧
砰砰砰。
上午，敲門聲將正補覺的方以智吵醒了。
他有些不解。
他是吃過早飯睡的，並且吃完飯後，還分院子里「保護」他的錦衣衛說過，沒事別來打攪。
如今他還沒睡多久，怎麼就被叫醒了呢？
莫非是陛下相詔？
起來開門，瞧見外面的人，方以智一下愣住了。隨即雙目微紅，撲通一聲跪在了地上。
「孩兒拜見父親大人！」
原來被錦衣衛帶來門外的，赫然是方以智的父親，方孔炤。
如今方孔炤五十五歲，須發斑白。自方以智被阮大鉞通緝後逃遁嶺南，他已有近一年時間沒見了，心中頗多擔心。
此時再見到方以智，亦是雙目微紅。
「我兒快快起來！」方孔炤雖然曾做到封疆大吏，又是個對農民軍狠辣的封建官員，可在兒女面前卻是慈父。
說話間，連忙去拉方以智起來。
之後他細細打量，又不禁道︰「我兒黑了也瘦了，不過如今冤案已平反，怎麼還憔悴至斯？」
卻是方以智熬夜讀書，頂著兩個大大的黑眼圈，讓方孔炤誤會了。
微微尷尬，方以智還是解釋道︰「兒子昨天得陛下召見，有幸拜讀三冊寶典，通宵研讀，忘了休息。」
「原來如此。」
方孔炤並沒有懷疑什麼，因為他知道方以智是個學霸，很容易沉迷到學問之中，廢寢忘食。
接著，父子兩到堂屋坐下喝茶，敘說了一會兒家常，方孔炤便要離開。
「此番為父亦是得陛下相詔，今日先需到有司述職、報道，明日還要去參與御前會議，便不與你多聊了。」方孔炤道。
方以智听了露出喜色，道︰「恭喜父親。」
方孔炤一笑，並沒有在兒子面前說什麼謙虛客套的話，而是起身離開，待到了院子外，又對相送的方以智囑咐道︰「我兒讀書也要注意身體，別再通宵了。」